三年驾照期限过后， 档案不会自动消除。具体情况如下：

未考完驾照的情况

如果自科目一考试合格之日起三年内，未能通过驾驶证的其他全部科目，那么档案会被自动注销，学车记录也会被清除。

已考完部分科目但未完成全部科目的情况

如果已经通过了科目一考试，但三年有效期过后仍未完成所有科目的考试，那么已考试合格的科目成绩会被作废，但档案不会被自动注销，需要重新报名参加考试。

驾校档案的情况

驾校的档案在三年期限过后通常不会自动注销，但会作废已考试合格的科目成绩，且已交费用无法退还。

综上所述，三年驾照期限过后，如果未考完驾照，档案会被自动注销；如果已考完部分科目但未完成全部科目，档案不会被自动注销，但需要重新报名参加考试。建议及时完成所有科目的考试，以避免档案被注销。