根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，C1驾驶证扣了12分后的处理流程如下：

扣留驾驶证

当累积记分达到12分时，公安机关交通管理部门会扣留驾驶证，并通知驾驶人在 15日内到指定地点参加为期7天的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。

学习与考试要求

- 驾驶人需在 20日内通过科目一考试。 - 考试合格后，记分将清除，驾驶证可恢复使用。

逾期不处理的后果

- 若 拒绝参加学习或考试，驾驶证将 停止使用，且 3个月内未处理将吊销。 - 若超过3个月未到指定机构申请学习或考试，驾驶证将 正式作废，需重新考取。

特殊情况说明

- 若驾驶证处于 实习期（领证后12个月内），扣满12分将直接 注销，需重新考取。 - 若累计记分超过24分，除需参加科目一外，还需加考科目三。

建议：

建议尽快完成学习并通过考试，避免因逾期导致驾驶证作废。可通过交管12123等平台查询违章记录，及时处理扣分事项。