在南京市区办理摩托车牌照，您可以选择以下地点：

南京市车管所：

您可以直接前往南京市车管所进行摩托车上牌手续。具体地址包括南京浦口区车管所（江苏省南京市浦口区龙华路11号）、南京六合车管所摩托车登记注册大厅（江苏省南京市六合区雨华路）以及南京高淳车管所丹阳湖分所（江苏省南京市高淳县丹阳湖北路18号）。

各区交警大队：

除了车管所，您还可以选择前往各区交警大队办理摩托车入籍手续。例如，江宁、浦口、溧水、六合、高淳等地均可办理摩托车号牌，但车辆只能在该区域行驶，不可进入南京市区（主城区）。

建议您提前准备好所有所需材料，包括购车发票、合格证、购置税完税证明、车主身份证明及复印件、购车保险等，以确保办理过程顺利。