当C1驾驶证和D驾驶证合并后， 扣分方式是按照最高级别的驾驶证进行扣分。具体来说，如果驾驶其中一种车型违反了交通规则，扣分会记在最高级别的驾驶证上。例如，如果驾驶三轮车期间有闯红灯的行为，导致驾驶证扣6分，那么就会直接算到C1驾驶证上。

需要注意的是，C1和D证合并后，总共有12分。如果扣分达到12分，驾驶员需要参加科目一的考试，成绩合格后才能重新领取机动车驾驶证。

总结起来，C1和D驾驶证合并后的扣分方式如下：

按照最高级别的驾驶证扣分：

扣分记在最高级别的驾驶证上。

总分为12分：

合并后的驾驶证总分为12分，扣满12分需要重新学习并考试。

建议在驾驶时严格遵守交通规则，以免扣分影响驾驶证的使用。