科目三手动挡的扣分标准主要包括以下几个方面：

起步细节

不系安全带：扣100分。

车门没关紧：扣100分。

起步熄火：扣10分，连续熄火两次直接挂科。

起步时车辆后溜距离大于30cm：扣100分。

绿灯亮起后，前方无其他车辆、行人等影响通行时，10s内未完成起步：扣100分。

灯光使用

不能正确使用灯光、雨刮器等车辆常用操纵件：扣100分。

未按正确提示使用灯光：扣100分。

挡位与车速匹配

高速度低档位行驶：扣10分。

低档位高速度行驶：扣10分。

起步时未将挡位置于空挡（驻车挡）：扣100分。

行驶中双手均离开转向盘：扣100分。

安全操作

不按规定使用安全带或者戴安全头盔：扣100分。

遮挡、关闭车内音视频监控设备：扣100分。

不按考试员指令驾驶：扣100分。

启动发动机时挡位未置于空挡（驻车挡）：扣100分。

其他

行驶中长时间压着离合器半联动行驶：扣10分。

离合器没有踩到底就去挂挡：扣10分。

离合没有松完就去踩油门：扣10分。

上车前未绕车观察：扣100分。

这些扣分标准旨在确保考生具备基本的驾驶技能和安全意识，遵守交通法规。建议在考试前仔细熟悉并遵守这些标准，以提高通过考试的几率。