根据深圳市及国家相关政策的最新规定，深圳电动车上牌时电子发票是合法有效的凭证，与纸质发票具有同等法律效力。以下是具体说明：

一、电子发票的合法性

国家层面认可

国家税务部门明确将电子发票纳入商务法体系，作为商品交易的法定凭证。

上牌所需材料

办理上牌时需提供购车发票，若为电子发票，需通过国税发票查验服务平台验证真实性。

二、具体操作要求

发票验证方式

- 线上办理时直接上传经国税平台验证的电子发票；

- 线下办理时部分机构可能接受纸质或电子发票，但建议提前确认。

补充材料要求

- 若原始发票丢失，可联系销售方补开发票，并在补开发票上注明“补开”字样；

- 电子发票抬头需为车主本人，若为个人还需提供支付证明或网购订单。

三、常见问题处理

发票抬头为“个人”：

除发票外，需提供支付证明或网购订单；

其他证明无效：购车合同、收据等均不能替代发票。

四、政策依据与建议

深圳市2018年发布的新能源小汽车增量调控政策中，未明确禁止电子发票，且后续政策文件中亦无相悖规定。建议办理前通过当地车管所或公安机关确认最新流程，避免因材料问题影响上牌进度。

综上，深圳电动车上牌时电子发票是合规的，但需确保其真实性、完整性和抬头规范。