c1驾照在考过科一后，如果三年期限过期， 档案不会自动注销。具体规定如下：

准考证明过期作废：

如果科目一考试已经通过，车辆管理所会在一日内核发驾驶技能准考证明。这个证明的有效期为三年，申请人应当在有效期内完成科目二和科目三考试。如果未在有效期内完成考试，已考试合格的科目成绩将作废。

档案保留：

初次申请机动车驾驶证或者申请增加准驾车型的，科目一考试合格后，车辆管理所会核发驾驶技能准考证明。即使三年后这个证明过期作废，申领驾驶证的档案也不会注销，只是三年内的驾考成绩作废。

重新考试：

如果驾照过期超过一年未换证，车辆管理所会注销该驾驶证。如果超过有效期三年未换证，驾照也会被注销。过期一年内的驾照可以正常换证，超过一年未超过两年的需要考科目一，超过两年的会自动注销，需要重新考驾照。

综上所述，c1驾照在考过科一后，三年期限过期不会自动注销档案，但准考证明会过期作废，且三年内的驾考成绩将作废。如果需要继续参加考试，需要重新报名参加学习和考试。