根据昆山市最新交通管理政策，摩托车在市区通行证办理方面存在以下规定：

禁摩政策

昆山市自2022年6月起实施摩托车禁行政策，禁止外地及非本地牌照摩托车在禁摩区域内通行（312国道、339/343省道等区域除外）。若违反禁令标志，将面临罚款100元并扣3分的处罚。

通行证办理限制

- 停止发放新证：

禁摩区域内已停止发放摩托车牌照，且无法办理通行证。

- 原有牌照限制：仅限昆山户籍人员办理通行证，非户籍人员无法申请。

特殊通行需求

若因抢修、邮政等民生需求需通行，需提供摩托车行驶证、单位证明等材料到交警大队办理《通行证》，但需遵守特定路线和时间限制。

其他要求

摩托车需符合以下要求：

- 车辆管理机关检验合格签章记录完整；

- 驾驶员需佩戴安全头盔，禁止追逐竞驶或酒后驾驶。

总结：

目前昆山市禁摩政策严格，普通摩托车无法办理通行证进入市区，特殊需求需通过正规渠道申请并遵守严格限制。建议提前咨询当地交警部门获取最新政策信息。