自助体检机在视力检测时允许佩戴眼镜。用户在进行视力检测时，可以选择佩戴眼镜，并且体检机会自动显示视力表，用户只需选择相应的方向即可完成视力检测。此外，对于需要矫正视力的用户，在体检和拍照过程中应全程佩戴眼镜。

然而，对于色弱眼镜，情况则有所不同。虽然有些自助体检机允许佩戴色弱眼镜进行常规体检，但色弱眼镜可能会影响视觉效果，从而影响体检的准确性。因此，建议在使用自助体检机前，最好事先咨询医生或眼科专家的建议，以确保能够得到准确的检测结果。

综上所述，自助体检机在视力检测时允许佩戴眼镜，但色弱眼镜可能会影响体检结果，建议咨询专业人士后再进行体检。