根据相关交通管理规定，C4驾照被扣12分后，即使超过一年未处理，也不能直接注销后考取D证。具体流程和规定如下：

一、扣12分的处理流程

扣留驾驶证

当C4驾照累积记分达到12分时，公安机关交通管理部门会扣留驾驶证，并通知驾驶人在15日内到指定地点参加为期7天的交通安全学习。

学习与考试要求

- 驾驶人需完成学习并取得合格通知书；

- 持合格通知书到车管所指定驾校参加科目一理论考试，考试通过后分数清零。

特殊情况处理

- 若15日内未参加学习或考试，驾驶证将进入停止使用状态，进入公告期；

- 公示期超过1年且未处理完毕的，驾驶证将自动注销。

二、直接注销的禁止性规定

未处理违章不得注销：

即使超过1年未处理，若未完成12分违章的罚款缴纳或学习考试，驾驶证仍无法注销；

注销后需重新考取：若驾驶证被注销，需重新考取C证后，满足条件方可考D证。

三、建议处理方案

尽快处理违章：

建议在15日内完成学习、考试并缴纳罚款，避免进入公告期；

保留驾照：

完成上述流程后，原C4驾照可正常使用，无需注销后重新考取；

咨询当地车管所：

不同地区具体流程可能略有差异，建议提前电话咨询当地车管所。

综上，C4驾照被扣12分后，需先处理违章并完成学习考试，未处理完毕时无法直接注销后考D证。建议尽快履行法定程序，避免影响后续驾驶资格。