根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，科目一考试合格后取得的《学习驾驶证明》是计算三年有效期的起点，而非报名时间。以下是具体说明及解决方案：

一、有效期计算规则

有效期起始时间

从科目一考试合格并核发《学习驾驶证明》的当天开始计算，而非报名时间。

三年有效期限制

在有效期内需完成科目二和科目三考试。若未在有效期内通过剩余科目，已考合格科目成绩将作废。

二、当前情况的处理方式

立即报名重考

若距离有效期不足，需尽快重新报名并参加科目一考试，同时规划科目二和科目三的备考时间。

费用与档案处理

- 已缴纳的培训费用可能无法退还，具体需联系驾校确认。

- 学籍档案可能因超期自动注销，需到车管所办理注销手续后重新报名。

三、注意事项

地区政策差异：

部分地区可能对超期处理有特殊规定，建议提前咨询当地车管所或驾校。

绿色通道：若学习驾驶证明剩余有效期不足6个月，可通过驾考绿色通道优先安排考试。

总结

科目一考试合格后三年内未通过全部科目需重新开始整个考试流程。建议尽快行动，避免影响后续考试安排。