根据最新交通管理规定，三轮车驾驶证与轿车驾驶证合并后，扣分规则如下：

一、扣分标准

合并后按最高准驾车型扣分

若持有C1（轿车）和D3（三轮车）驾驶证且已合并为一本，驾驶任一准驾车型时发生交通事故或违章，均按 C1驾照的扣分标准进行扣分。 *例如*：驾驶三轮车闯红灯被扣6分，直接加到C1驾照上。

总分的限制

两本驾驶证合并后， 总分仍为12分。若任一准驾车型累计扣分达到12分，需参加科目一考试，通过后方可恢复驾驶资格。

二、特殊情况说明

摩托车驾驶证合并

若涉及摩托车驾驶证（如D2、D3）与C1合并， 同样按C1驾照的扣分标准执行。 *例如*：驾驶三轮摩托车闯红灯记6分，加到C1驾照上。

多准驾车型限制

若已持有C1驾照并准备考取D3驾照， 需将两本驾驶证合并为一本，此时仅保留C1准驾资格，D3需通过考试后单独获取。

三、其他注意事项

扣分不注销驾照

即使某本驾照被扣满12分， 驾驶证不会被注销，只需通过科目一考试即可恢复。

考试内容

重新考试仍需参加 科目一，考试内容涵盖道路交通安全法律法规、交通信号、车辆操作等基础知识。

综上，三轮车与轿车驾驶证合并后， 扣分按C1驾照执行，总分为12分，且扣分不导致驾照注销。