根据搜索结果，上海市内可报考的海军初级指挥类院校主要有以下两所：

海军大连舰艇学院

该校是培养海军水面舰艇军官的摇篮，承担初级指挥军官培训任务，拥有全军唯一的训练舰支队。其前身为大连海军学校，1986年正式更名为海军大连舰艇学院，是亚洲唯一培养潜艇指挥军官的院校。

海军军医大学（第二军医大学）

虽然以医学专业为主，但该校也招收军事医学相关专业的学生，并参与部分军事人才培养计划，可能涉及初级指挥类岗位的选拔。

注意事项：

报考需符合海军院校的体检、文化程度等要求，建议提前咨询校方或相关部门；

海军院校通常与地方高校合作招生，具体招生计划需以当年官方公告为准。