摩托车违章扣分会影响汽车驾驶证的扣分，具体规则如下：

一、两证合一制度下的扣分规则

同时持有摩托车和汽车驾照

若驾驶摩托车时发生违章， 只会扣除摩托车驾照的分数，汽车驾照不受影响。

仅持有汽车驾照

若无摩托车驾照而驾驶摩托车，属于 准驾不符，将扣除 汽车驾照12分，导致驾照暂扣。

二、扣分对汽车驾照的潜在影响

分数累积：

摩托车驾照的扣分会与汽车驾照的分数共同计入 同一本驾驶证，总分数未达12分不会导致驾照暂扣，但会影响后续的记分周期。

处罚同步：若摩托车驾照因扣分达到12分被暂扣， 汽车驾照也会同步暂扣，需完成学习和考试后方可恢复驾驶资格。

三、特殊情况说明

准驾不符的降分标准：2022年4月1日起，准驾不符的扣分标准从12分降低为 9分。

两证合一的效力：摩托车和小车驾照合并为一本， 准驾资格互不影响，但扣分均记在同一本证件上。

四、建议

避免准驾不符：若需驾驶摩托车，建议提前办理摩托车驾照，避免因无证驾驶引发更严重的处罚。

及时处理扣分：摩托车驾照扣分未达12分时，可通过缴纳罚款和参加学习恢复驾驶资格，避免影响汽车驾照。

综上，摩托车违章扣分不仅影响摩托车驾驶资格，还可能间接影响汽车驾照的扣分记录和驾驶资格，需引起重视。