根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，如果科目一考试未通过且驾驶证有效期已满三年，需按以下步骤处理：

一、核心处理原则

成绩作废：

三年内未通过科目一考试，所有已考科目成绩均作废，需重新参加全部科目考试。

重新报名：

需重新缴纳报名费，选择驾校或车管所报名，从科目一开始学习并参加考试。

二、特殊情况说明

未参加科目一考试

若从未参加过科目一考试，仅缴纳了报名费，则不存在三年有效期限制，可直接参加后续考试。

合同条款

部分情况下，若超过三年未通过考试，需查看与驾校签订的合同条款，确认是否涉及延期费或名额占用问题。

三、补充说明

学习驾驶证明：

科目一合格后，车管所会发放有效期为三年的《学习驾驶证明》，需在有效期内完成科目二和科目三考试。

费用承担：重新考试需承担全部费用，且部分情况下可能涉及延期费（具体以合同为准）。

四、建议

优先完成科目一：

科目一考试内容相对简单，建议优先安排时间通过，避免重复学习其他科目。

合同咨询：

若对合同条款有疑问，可联系驾校或车管所咨询，避免额外费用损失。

通过以上步骤，可系统解决科目一未考过且驾驶证过期三年的问题。