摩托车驾照和汽车驾照合并后， 扣分将统一计算在一张合并后的驾照上，总分为12分。无论是驾驶摩托车还是汽车，发生违章行为，都将从这12分中扣除。

具体扣分规则如下：

总分为12分：

合并后的驾照总分为12分，与原先分别持有摩托车驾照和汽车驾照的扣分标准相同。

违章扣分：

无论是摩托车还是汽车违章，扣分都将从这12分中扣除。

重新考证：

一旦在一个记分周期内被扣12分，驾驶人必须及时到指定的车管所参加科目一或者科目三的考试，考试合格后才能正常使用驾驶证。

因此，建议驾驶人在合并驾照后，仍然要严格遵守交通规则，避免违章行为，以免扣分超过12分，影响驾驶资格。