在上海上班的医保是可以转回南通的。具体的转移步骤如下：

办理条件

未达到法定退休年龄，在异地就业回本市的本地户籍医疗保险参保人。

未达到法定退休年龄，在本市就业并已按规定在本市参加社会保险的非本地户口人员。

办理流程

使用上海“一网通办”平台在线打印《基本医疗保障参保凭证》。

拿到参保凭证后，向新的参保地医保经办机构提出医保关系转入申请。

所需材料

《基本医疗保障参保凭证》。

注意事项

医疗保险可以随养老保险一起办理异地转移手续，其他险种不办理异地转移。

参保人员个人缴费基数和缴费比例按照相关政策执行。

建议您先通过上海“一网通办”平台打印《基本医疗保障参保凭证》，然后咨询南通的医保经办机构，了解具体的转入流程和所需材料，以确保医保关系能够顺利转移。