科目三补考费在交管12123交了还需要交。

法律角度：

补考费是考试未通过后的再次报考费用，通常由考生自行承担，除非驾校合同中有特别约定。

实际操作：

在交管12123上预约补考后，用户需要缴纳补考费。虽然有些情况下补考费可能由驾校代缴，但这需要查看具体的驾校合同条款或咨询当地交通管理部门。

费用标准：

补考费用在不同地区和不同驾校之间可能有所不同，但通常需要支付的费用包括补考费本身。

综上所述，无论是否通过交管12123缴纳补考费，学员在科目三补考时通常都需要支付补考费用。建议学员在报名驾校时，仔细阅读合同条款，了解补考费用的相关事宜，以避免不必要的误解和额外支出。