澳门科技大学博雅学院和商学院的区别主要体现在以下几个方面：

教学目标

博雅学院：旨在帮助学生获得广泛的知识，了解不同学科的基本理论、方法和技能，并培养学生的创新能力和跨学科的思维能力。课程覆盖广泛，包括人文、社会科学、自然科学等领域。

商学院：目标是培养学生在商业领域具有专业知识和技能，为他们在商业行业中的职业发展提供支持。课程设置包括会计、金融、市场营销、信息系统等方面的内容，具有强烈的商业导向。

课程设置

博雅学院：虽然开设了商学士学位课程，但其课程内容与其他学院有所不同，部分课程是零散的必修课分开，但整体上与商学院的课程一致，包括选修课。教授和资源方面，博雅学院和商学院是一碗水端平的。

商学院：课程内容更加专注于商业和管理领域，具有明确的商业导向，如管理导论、微观经济学、宏观经济学、商业伦理与企业社会责任等。

招生和录取

博雅学院：承接了商学院的部分录取压力，因为报考商科的人太多，每年商学院都供不应求，所以博雅开设了商学士。博雅的部分课程和收生分数会有所不同，但整体上与商学院相当。

商学院：招生和录取标准相对较高，竞争激烈。

特色和优势

博雅学院：转型后注重教学质量，抓得比较严，学校希望刷排名，因此教学差的情况不会发生。此外，博雅学院还注重产学结合，培养具有跨文化交流与合作、具备创新意识、终身学习等能力的高素质人才。

商学院：与英国亨利商学院有2+2的双学士培养项目，总体来说还是不错的。很多基础学科是相似的，老师也有重叠，但工商管理专业在大二下学期要选择具体专业如金融、会计、商业分析等，专注于一个专业学科的培养。

综上所述，澳门科技大学博雅学院和商学院在教学目标、课程设置、招生和录取以及特色和优势等方面存在明显的区别。学生可以根据自己的兴趣、职业规划和学术需求来选择符合自己的学院。如果对商业和管理领域有浓厚的兴趣，或者希望在商业领域发展自己的职业，那么商学院会更适合；如果对多个领域都感兴趣，并且想要对不同学科之间的交叉性产生更深入的了解，那么博雅学院可能更适合。