关于C1驾驶证增驾摩托车时被扣12分的情况，需按照以下步骤处理：

一、处理扣分的核心要求

清除12分记录

需通过科目一考试并清除12分扣分记录，这是增驾的必要条件。

缴纳罚款并接受处罚

所有违章行为需处理完毕，包括缴纳罚款和接受相应处罚。

二、具体处理流程

参加学习与考试

- 在15个工作日内，需到机动车驾驶证核发地或违法行为地公安机关交通管理部门参加为期7天的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。

- 学习结束后，参加20日内的考试，考试合格后记分清除，驾驶证发还。

处理无证驾驶行为

- 若因准驾车型不符（如C1驾摩托车）被扣12分，需按无证驾驶处理：

- 罚款200-2000元

- 暂扣驾驶证15日

- C1驾驶证记12分。

三、注意事项

时间节点控制

- 必须在摩托车驾驶证被扣12分后的下一个记分周期内完成科目一考试，否则无法增驾。

避免重复扣分

- 若在增驾期间再次发生违章，可能导致重新考取C1驾驶证，影响增驾进度。

替代方案建议

- 若时间紧张，可考虑考取D/E驾驶证（摩托车驾驶证），避免重复学习C1科目。

四、法律依据

根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，驾驶与准驾车型不符的机动车属于无证驾驶，需承担相应法律责任。增驾期间需严格把控准驾车型，避免因小失大。

通过以上步骤，可有效解决C1增驾摩托车时被扣12分的问题，确保符合增驾条件。