C证与D证合证后， D证违规扣分能扣C证。无论是C照还是D照，合并后的驾驶证总分为12分。发生交通违规违章事件后，会按照合并后驾照的分数进行扣分。例如，骑摩托车闯红灯被扣6分，这6分直接反映在C1D照上，相当于开小车闯红灯。

具体来说，如果D照违章扣分，会直接扣C1D照的分数。如果在一个记分周期内被扣满12分，驾照将会被吊销，需要重新考取驾照。

因此，C证与D证合证后，D证违规扣分是能扣C证的。