C1证和D证已经合并， 不可以单独记分。合并后的驾驶证为C1D证，其记分规则如下：

合并后的驾驶证记分：

C1D证作为一个整体，其分数是合并计算的，而不是单独对C1或D证记分。因此，无论是驾驶C1证准驾车型还是D证准驾车型，违章扣分都会记在C1D证上。

记分周期：

驾驶证的记分周期为12分，如果在一个记分周期内累计扣分达到12分，驾驶证将被暂扣，需要参加相应的学习和考试。

最高级别驾照记分：

在合并后的驾驶证上，扣分是按照最高级别的驾照来计算的。例如，如果驾驶三轮摩托车（D证准驾车型）闯红灯，记6分，这6分将记在C1D证上。如果C1D证记分满12分，将需要重新学习考试。

综上所述，C1证和D证合并后，不能单独对C1证或D证记分，而是合并为一个整体进行记分。