摩托车驾驶证和汽车驾驶证合并后， 扣分将统一在合并后的驾驶证上，总分为12分。无论是驾驶摩托车还是汽车，出现违法行为，驾驶人的扣分都将在这12分里面扣。一旦扣12分超过，车主要驾驶摩托车或汽车必须重新考证，否则是不能上路行驶的。

具体扣分操作上，你需要携带两本驾驶证到当地的交警大队或者车管所去办理违章处理手续。工作人员会核对你的信息并记录你的违章行为，然后按照规定的分值进行扣分。

此外，如果一个公民准备考取两个或两个以上的准驾车型，只能允许有一个驾照。例如，如果一个人已经拥有摩托车驾照，又准备考取C1驾照，那么这两个驾照将合并为一本。

因此，合并后的驾驶证总分为12分，无论是驾驶摩托车还是汽车，违章扣分都会从这12分中扣除。如果扣分超过12分，需要重新学习科目一或者参加满分教育，考试合格后才能恢复驾驶证的正常使用。