如果你的驾驶证被别人套用并扣除了12分，你可以按照以下步骤处理：

收集证据

前往就近的交通大队打印违章处理记录，确认扣分情况。

报警并收集相关证据，例如过路费小票、停车场小票等，以证明你在违章发生时不在场。

申请行政复议

如果确认罚单上的签名不是你的，可以要求对该笔记进行鉴定。

拿到非本人的签字证据或录像后，到当地违章处罚中心申请行政复议。

联系车管所

带上身份证和驾驶证，到车管所查询违章情况，并要求交警部门查询违章车辆，说明这辆违章车与你没有任何关系，是他人套用你的驾驶证而给这辆车处理的违章。

法律途径

如果行政复议未能解决问题，你可以考虑提起行政诉讼，要求撤销处罚。

保护个人信息

保护好自己的身份证件和驾驶证，避免被他人冒用。

通过以上步骤，你可以尽量减少因他人套用驾驶证而造成的损失，并维护自己的合法权益。