申请绿色有机水稻认证需要办理以下相关手续：

选择认证机构：

首先，需要选择一个合适的有机认证机构，并向其提出正式申请。

递交申请资料：

提交相关的申请资料，包括但不限于合法经营资质文件（如土地使用证、营业执照、租赁合同等），以及与生产或加工过程相关的文件和资料。

确定检查日期：

与认证机构协商并确定检查日期。

缴纳认证费用：

根据认证机构的要求缴纳认证费用。

准备材料：

根据认证机构的要求准备必要的材料，如有机食品认证申请书、检查合同、有机食品认证调查表等。

实地检查：

认证机构会安排检查员对申请者的生产或加工现场进行实地检查。

不符合项目整改：

如果检查中发现不符合有机认证标准的地方，需要按照认证机构的要求进行整改。

等候发证：

整改完成后，等待认证机构发放有机认证证书。

发证：

认证机构在确认所有要求都符合后，会正式发放有机认证证书。

此外，产地的环境质量也需要符合特定的标准，例如土壤环境质量应符合GB 15618中的二级标准，农田灌溉用水水质应符合GB 5084的规定，环境空气质量应符合GB 3095中二级标准和GB 9137的规定。

建议在申请过程中，与认证机构保持密切沟通，确保所有步骤和材料都符合其要求，以便顺利通过认证。