在南通通州进行驾驶员体检，您可以选择以下医疗机构：

南通妇幼保健医院

南通市第二人民医院

南通市第四人民医院

通州区妇幼保健院

通州中医医院

建议您提前预约体检，以确保能够顺利进行。